Las metas de la investigación presentada en este número de Tropical Ecology fueron demostrar que las diferencias en las características de la comunidad microbiana del suelo basadas en ADN, la biomasa, la actividad microbiana y las dinámicas del C y del N de los nutrientes pueden ser usadas como indicadores de cambio ambiental, específicamente para mostrar cómo el manejo de la tierra, las estrategias de restauración y el cambio climático pueden tener impactos sobre los ecosistemas edáficos de los bosques de tierras bajas y los bosques nublados montanos de Costa Rica. En los estudios realizados en bosque secundarios de tierras bajas, se encontró que la bacteria Frankia tiene un papel crítico en la fijación de nitrógeno en los suelos asociados con el árbol fijador de nitrógeno Pentaclethra macroloba, pero además que Frankia, Rhizobium, Archaea y los metanotrofos Tipo II también fueron importantes de manera conjunta en la recuperación del N del suelo y en el aumento del C en la biomasa microbiana gracias a un uso más eficiente de C orgánico. Estos mismos suelos de los bosques secundarios tuvieron niveles más altos de P y N inorgánicos, carbono orgánico y actividad microbiana, y constituyeron un ecosistema edáfico con mayor dominancia de hongos que los pastizales de la misma edad. En un bosque primario contiguo se demostró que la bromeliácea Bromelia pinguin tiene efectos antifúngicos significativos en el suelo forestal, lo que provoca una reducción en la abundancia de hongos, la biomasa microbiana y la eficiencia en el uso del C orgánico. Finalmente, en los bosques nublados de Monteverde se usaron métricas microbianas para mostrar que los hábitats que tenían la mayor humedad del suelo tenían suelos con mayor dominancia de hongos, así como composiciones únicas de las poblaciones de hongos y bacterias. Dada la importancia de los suelos tropicales en el almacenamiento mundial de C, su degradación y los esfuerzos actuales de restauración en estos bosques, así como la amenaza muy clara de decremento en la precipitación debido al cambio climático, las métricas del subsuelo deberían ser consideradas como indicadores tempranos de los efectos de la restauración forestal y/o de otros disturbios ambientales. Esperamos que estos artículos estimulen el desarrollo de futuros estudios en estas áreas importantes de Costa Rica.